1990年5月，国务院批准设立了我国第一个保税区————上海外高桥保税区。1992年以来，国务院又陆续批准设立了14个保税区和一个享有保税区优惠政策的经济开发区，即天津港、大连、张家港、深圳沙头角、深圳福田、福州、海口、厦门象屿、广州、青岛、宁波、汕头、深圳盐田港、珠海保税区以及海南洋浦经济开发区。2008年，我国部分保税区通过整合升级为保税港区，迄今我国保税区数量一直维持12个不变。（其中2008 年11月张家港保税区经国务院批准，升级转型为保税港区，2008年12月22日，国务院正式批复同意海口保税区区位调整并转型为综合保税区，2008年9月7日，青岛保税区整合临近港区、保税物流园区，转型升级为青岛保税港区。）该12个保税区全部分布在东部地区，除了河北省之外的东部其他省（直辖市）均有分布，数量最多的为广东省，6个；其次是福建省，2个；辽宁、天津、上海和浙江各省均只有1个。

保税区的主要功能包括出口加工、进口保税仓储、国际贸易、商品展示等，享受"免证、免税、保税”的政策，实行“进口货物二线管理，出口货物一线管理”的监管模式。保税区作为我国最早设立的海关特殊监管区，对于当时我国扩大国际贸易发挥了积极作用。但是，保税区没有出口退税功能，货物只有在实际离境之后才能进行出口退税，在一定程度上不利于进出口贸易的平衡发展和提升进出口速度，这也是后来国务院停止批准设立新保税区的重要原因。

2012年11月2日公布的《国务院关于促进海关特殊监管区域科学发展的指导意见》，提出将收紧保税区、出口加工区等建设项目审批；现有各类海关特殊监管区域，将逐步整合，统一为"综合保税区"。

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