TIR制度运行的基本程序包括起运、出境、过境、抵达四大环节。

（1）起运

起运地海关根据运输经营人在TIR单证上填报的内容检查所载货物；符合要求后由海关对装载室或集装箱施加关封，同时在TIR单证上做相应记录，保留第一联凭单并填写相应的存根；然后将TIR单证交还给运输经营人，由其开始TIR证运输作业。

（2）出境

装载货物的TIR证运输车辆在离开起运国国境时，由起运国出境海关检查封志，从TIR单证上撕下第二联.填写相应的存根；并将撕下的凭单寄给起运地海关（通常为内陆海关），或使用电子邮件等其他方式发给起运地海关，以加快审核速度。起运地海关通过核对收到的凭单与自己原来保存的凭单，如果出境海关没有任何反对意见或保留意见，则放行。起运地出境海关填写的存根作为TIR业务在该国已经完成的凭据。如果起运地出境海关撕下的一联凭单含有保留意见，或没有送达起运地海关，或海关因其他原因怀疑T1R业务，则海关有权利进行调査，即“T1R业务例外性调查”。

（3）过境

装载货物的TIR证运输车辆在途经每一个过境国时都适用与起运国执行相似的海关过境制度。沿途过境国的入境海关对封志进行检查，并从TIR单证中撕下一联凭单，出境海关也像起运国的出境海关一样处理TIR凭单。通过核对该国入境海关与岀境海关所取下的两联TIR凭单，填写无误一致后即放行作业，若出现异常情况，则依出境环节所述程序进行处理。

（4）抵达

若入境海关同时也是目的地海关，便由入境海关填写TIR单证，并保存两联凭单，进行进口货物贸易清关处理。若货物入境后还需运往该国的另一海关（通常为内陆海关），则入境海关成为一个入境边境海关，执行过境环节中入境海关的类似程序；而该国境内的另一个海关成为目的地海关，执行开箱查验、清关等程序。

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