改革开放20年后，由于出口促进与加速贸易市场化改革的激励，我国主要形式是“三来一补”业务和进料加工业务的加工贸易发展迅猛，并且加工贸易已涉及我国绝大部分产业，成为中国对外贸易的主要方式和吸收外资的主要形式，也在引进先进的技术和科学管理、解决劳动力就业等方面发挥了积极作用。但是，由于我国对分散经营的加工贸易采取开放式的管理，出现了利用加工贸易渠道走私等一些不容忽视的问题，导致管理难度的大为增加。此外，以大量利用境外资源在境内加工再复出口，即"两头在外"为特征的加工贸易，也已面临着如何从大量利用境外原材料、零部件、元器件发展到如何充分利用境内、外两种资源的情况。

为了改革加工贸易的监管模式，解决长期以来对加工贸易企业难以进行有效监管和手续繁杂的矛盾，遏制屡禁不绝的加工贸易走私等现象，为了实现对加工贸易实行"优化存量，控制增量，规范管理，提高水平"的管理，2000年4月27日，国务院正式批准设立出口加工区，把加工贸易"漫山放羊式"改为"圈羊式"管理，首批批准进行试点的出口加工区有15个。

2000年，国务院正式批准设立出口加工区后，相关部门先后出台了《中华人民共和国海关对出口加工区监管的暂行办法》（国务院令第389号）、《出口加工区税收管理暂行办法》（国税发〔2000〕155号）、《出口加工区的加工贸易管理暂行办法》（商务部2005年第27号令）、《保税监管区域外汇管理办法》（汇发〔2007〕52号）等规章制度，对出口加工区的性质、功能、主要优惠政策作了规定，为出口加工区的规范管理和正常运作提供了保障。

2002年10月1日起，国家对部分进口税收优惠政策进行了适当调整。其中《外商投资企业指导目录》中，"产品全部直接出口的允许类外商投资项目"，一律先照章征收关税和进口环节税，经核查如产品全部直接出口情况属实的，每年返还已纳税额的20%，5年内予以全部返还，如情况不实，当年税款不再返还，同时还追缴该项目已返还的税款，并依法予以处罚。此项政策调整将有利于出口加工区吸引企业入区，企业入区可以享受进口设备免税，而区外是先征税，核实后再分年返还。可见，出口加工区作为特殊区域的优势将会日益凸显出来。

2005年3月，海关总署制定并颁布《中华人民共和国海关出口加工区货物出区深加工结转管理办法》，允许将出口加工区加工贸易产品销往区外企业继续深加工。我国出口加工区的加工贸易产品的区外深加工业务的开展，适应了现代企业工业化大生产条件下产业互补配套的生产经营需求，延长了区内加工贸易产业链，提高了区内加工贸易产品附加值，增强了区内加工贸易企业生产经营能力。

2005年11月，为更好地适应加工贸易企业要求加工制造和现代物流协调发展的需求，国务院明确了我国出口加工区“加工制造为主，保税物流为辅”新的功能定位思路，“在现有的保税加工功能基础上，增加保税物流功能，积极探索发展第三方物流和引入研发中心，允许进区的物流公司不仅服务于区内加工贸易企业，而且可将物流配送业务拓展到区外，促进出口加工区加工制造和现代物流协调发展"。

2006年12月，国务院批准在北京天竺、上海松江、江苏昆山、山东烟台、陕西西安、浙江宁波、重庆等七个出口加工区拓展保税物流功能试点，在原有出口加工区的保税加工制造功能的基础上，增加"保税物流"和"研发、检测、维修"两个方面的功能。

2007年年初，经国务院批准，上海松江等七个出口加工区率先开展保税物流功能和开展研发、检测、维修业务试点并取得成效。海关总署负责人表示，下一步，海关还要将具备条件的保税区、出口加工区、保税物流园区整合转型为保税港区或综合保税区，并最终使内陆的海关特殊监管区域整合为"综合保税区"，沿海沿江的海关特殊监管区域整合为"保税港区"，实现功能、政策、管理制度、监管模式等的规范统一。

2007年8月，海关总署在《海关保税监管改革分步实施方案》中提出，到2010年，要使出口加工区和保税区等海关特殊监管区域实施“物理围网”监管模式的加工贸易进出口总值占全部加工贸易进出口总值的比率达到25%。

2008年12月，国务院发布《关于保持对外贸易稳定增长的意见》（国办发〔2008〕135号）。该文件明确了“允许出口加工区拓展保税物流功能及开展研发、检测、维修业务”。

2009年，海关总署下发《海关总署关于出口加工区拓展保税物流功能海关监管有关问题的通知》（署加函〔2009〕49号），明确全国出口加工区全面拓展功能后海关监管操作办法，即按照《海关总署关于出口加工区拓展保税物流功能及开展研发、检测、维修业务试点有关问题的通知》（署加发〔2007〕168号）执行，编发了《出口加工区拓展物流等功能文件汇编》。

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