物流公司提高货物运输中的协议执行质量是非常重要的，这涉及到货物运输的准时性、安全性和可靠性。为了提高货物运输中的协议执行质量，物流公司可以采取以下措施：

1. 建立健全的内部管理体系：物流公司可以建立健全的内部管理体系，包括完善的运输管理制度、规范的操作流程和有效的内部监督机制。通过建立健全的内部管理体系，可以确保货物运输过程中各项工作按照规定和标准进行，提高协议执行的质量。

2. 严格执行合同约定：物流公司在与客户签订运输合同时，应该严格执行合同约定，包括运输时间、运输路线、货物保险等方面的约定。在货物运输过程中，物流公司需要严格按照合同约定履行各项责任，确保货物按时、安全地到达目的地。

3. 提高运输工具和设备的质量：物流公司可以投资更新运输工具和设备，提高其质量和性能。例如，更新运输车辆、购买先进的运输设备等，可以提高货物运输的效率和安全性，从而提高协议执行的质量。

4. 加强对运输人员的培训和管理：物流公司可以加强对运输人员的培训和管理，确保他们具备专业的驾驶技能和良好的职业素养。通过培训和管理，可以提高运输人员的服务意识和责任感，减少因人为原因导致的运输延误和事故发生，提高货物运输的协议执行质量。

5. 实施有效的监控和管理：物流公司可以通过实施有效的监控和管理措施，对货物运输过程进行实时监测和管理。例如，可以利用GPS定位系统对运输车辆进行实时监控，及时发现运输过程中的问题并采取措施，确保货物运输按时、安全地到达目的地。

6. 建立完善的投诉处理机制：物流公司可以建立完善的投诉处理机制，及时处理客户的投诉和意见反馈。通过及时处理客户的投诉，可以及时发现运输过程中存在的问题，并采取措施加以改进，提高货物运输的协议执行质量。

7. 与合作伙伴建立良好的合作关系：物流公司可以与运输合作伙伴建立良好的合作关系，包括运输公司、货代、仓储公司等。通过与合作伙伴的良好合作，可以共同努力提高货物运输的协议执行质量，确保货物能够按时、安全地到达目的地。

8. 制定奖惩机制激励履约：物流公司可以制定奖惩机制，对履约良好的运输人员和合作伙伴进行奖励，对违约行为进行惩罚。通过奖惩机制，可以激励运输人员和合作伙伴积极履行合同约定，提高货物运输的协议执行质量。

9. 采用信息化技术提升管理水平：物流公司可以采用信息化技术，如物流管理系统、运输管理软件等，提升管理水平。通过信息化技术，可以实现对货物运输过程的全程监控和管理，提高运输效率和服务质量。

10. 定期进行绩效评估和改进：物流公司可以定期对货物运输的协议执行质量进行绩效评估，发现存在的问题和不足，并及时进行改进。通过持续改进，可以不断提高货物运输的协议执行质量，提升客户满意度和市场竞争力。

总之，物流公司提高货物运输中的协议执行质量需要从内部管理、合同执行、运输工具、人员管理、监控管理、投诉处理、合作关系、奖惩机制、信息化技术和绩效改进等多个方面进行综合考虑和实施。只有在这些方面都得到合理的考虑和落实，才能有效地提高货物运输的协议执行质量，提升物流服务水平和竞争力。