保税进出口货物通关程序的主要目标是确保保税货物在加工、储存后复出口。对不再能复出口的，则要求按照相应的通关制度重新办理进出口手续。具体程序如下：

1.前期报关——合同登记备案

此阶段仅适用于保税加工货物，保税储存货物免办此环节。对于保税加工货物，在货物进境前，凭合同和商务部批件等向所在地海关办理加工贸易合同登记备案(包括台账开设)手续，取得《登记手册》。

根据国家制定的《加工贸易分类管理商品目录》和《中华人民共和国海关对企业实施分类管理办法》的规定，将加工贸易分为禁止类、限制类(包括限制甲类和限制乙类)和允许类，将加工贸易企业分成A、B、C、D四个管理类别，并分类实施保证金台账制度，即“不纳入台账制度”或采用保证金台账的“实转”、“空转”等三种不同的运作方式。

(1)不纳入保证金台账制度管理

鉴于开展加工贸易的一部分企业资信状况良好，且有更为严密的海关管理措施，以及合同数额较小，适宜简化手续等方面的原因，下列几种情况不纳入保证金台账制度管理：

①海关驻厂监管或主管海关实行计算机联网管理的保税工厂，或从事飞机、船舶等特殊行业加工贸易的企业，或年进出口额在3000万美元(自营生产型企业出口额1000万美元)及以上，或年加工出口额1000万美元以上的企业开展的加工贸易，以及保税区内企业开展加工贸易不纳入保证金台账制度管理，按《企业分类计算机管理程序》,对上述不实行保证金台账制度的企业，该系统设定的系统代码为AA(故对上述企业亦称作为AA类企业)。

②对金额在10000美元及以下的加工贸易合同，如由A类或B类企业经营，不纳入保证金台账制度管理。

③对出口企业为履行出口产品合同，由外商免费或有价提供用于出口产品的辅助材料，在规定的辅料品种范围内，且每批合同进口辅料金额在10000美元以下(含10000美元),不纳入保证金台账制度管理。

(2)保证金台账的空转

所谓保证金台账的“空转”,是指加工企业为开展加工贸易在指定的中国银行开设保证金台账，但并不向银行交付保证金的台账运作方式。可适用“空转”方式的有下列两种情况：

①按加工贸易企业分类标准已评定为A类的企业，除前述不纳入保证全台账制度管理的几种情况外，加工限制类或允许类商品均适用保证金台账“空转”的运作方式。

②按加工贸易企业分类标准已评定为B类的企业，加工非限制类商品的，可适用保证金台账的“空转”运作方式。

(3)保证金台账的实转

所谓保证金台账的“实转”,是指企业在中国银行开设保证金台账后，将保证金存于海关在中国银行设立的指定账户，企业在加工产品出口并办理核销手续后，银行退还保证金及其相当活期存款的利息的台账运作方式。应以“实转”方式运作的主要是：

①按加工贸易企业分类标准已评为B类的企业，加工限制类的商品，应以“实转”方式运作。

②按加工贸易企业分类标准已评为C类的企业，无论加工限制类还是允许类的商品，无论合同金额大小，均应以“实转”方式运作。

适用D类管理的加工贸易企业，海关不予办理新的加工贸易合同备案。

2.申报进口

在保税加工或实际储存的货物实际进境时，报关单位持海关核发的保税经营凭证，即保税加工的《登记手册》或保税仓库的《登记证书》及其它报关单证向海关办理进口申报、陪同查验、提取货物等货物进境手续。

3.按最终去向申报出口或办理其它海关手续

根据保税加工成品、保税储存货物的复出口或转为内销、结转二次保税等最终去向，分别按相应的通关制度的规定向海关办理出口或其它相应的海关手续。比如，货物出口需要办理出口申报、陪同查验、装运货物等货物出境手续。

4.后期报关——核销结案

报关单位应在海关规定的期限内，向所在地海关报核，经海关审核确认，注销保税管理。

由此可见，保税加工货物的通关需要经过以下环节：商务部主管部门审批合同、主管海关办理合同备案、中国银行开设保证金台账、主管海关核发手册、主管海关核销合同及中国银行注销台账