由于各口岸的具体情况有所不同，各口岸监管机构的设置并不完全相同。其中，有些城市专门设置口岸管理委员会(以下简称口岸委)作为行使该城市口岸综合管理职能的机构。比如，上海口岸管理委员会办公室(以下简称口岸办)是上海口岸委的日常办事机构，是市政府主管口岸的职能部门。上海口岸委其成员单位包括市外经贸委、市建委、市计委、市公安局、市规划局、市财政局、市交通局、市空港管理委员会办公室、上海海关、上海出人境检验检疫局、上海出入境边防检查总站、华东民航管理局、上海海事局、上海市港口管理局、中国贸促会上海市分会等。

口岸监管机构主要由以下机构所组成：

1.交通安全检查机构

交通安全检查机构是指各种运输方式下的交通安全部门。以海上运输为例，海事局是行使我国海上交通安全的执法机构，其目的是为了维护国家主权、维持港站秩序、保证运输安全、防止发生水域污染、防止发生各种交通事故等。海事部门对船舶监督管理工作主要包括船舶登记、船舶签证、船舶安全检查、外轮监督管理、航运公司安全管理和防污染体系审核发证监督管理等。

2.海关

海关是对进出关境货物、运输工具、行李物品、货币、金银等执行监督管理和稽征关税的国家行政机关。

通常地讲，海关是把持国家经济大门的行政执法机关。因而，我国海关既具有海关监管、征收关税、查缉走私、编制海关统计等四项基本任务，同时也具有如下12项权力：检查权、查验权、查阅权、查问权、调查权、复制权、扣留权、质押权、追缉权、佩带和使用武器权、处理权、强制缴税权。

海关监督管理的范围是关境。国境与关境并不完全一致：如欧共体成员国之间，货物进出国境视同在国内流通，不征关税，所以其关境大于国境；许多国家设有保税区或自由贸易区，这些地区均在关境之外，故此类国家关境小于国境；我国由于台湾、香港、澳门享有单独关税地区的地位，所以我国关境小于国境。

3.出入境检验检疫机构

出入境检验检疫机构是指对出入境商品的质量、数量、重量、包装、安全、卫生以及装运条件等进行检验并对涉及人、动物、植物的传染病、病虫害、疫情等进行检疫工作的机构。

我国的商品检验检疫机构是国家质量监督检验检疫总局(通常简称为国家质检总局)及其设在全国各口岸的出入境检验检疫局，系由原先的进出口商品检验局、出入境动植物检疫局和出入境卫生检疫局合并而成，其主要职责有三项，即对进出口商品实施法定检验检疫、办理进出口商品鉴定业务、对进出口商品的质量和检验工作实施监备管理。

从2000年1月1日起实施“先报检，后报关”的检验检疫货物通关制度，将原卫检局、动植物局、商检局进行的检验“三检合一”,全面推行“一次报检、一次取样、一次检验检疫、一次卫生除害处理、一次收费、一次发证放行”的工作规程和“一口对外”的国际通用的检验检疫模式。从2000年1月1日起，对实施进出口检疫的货物启用“入境货物通关单"和“出境货物通关单”,并在通关单上加盖检验检疫专用章，对列人《出入境检验检疫机构实施检验检疫的进出口商品目录》范围内的进出口货物(包括转关运输货物),海关一律凭货物报关地的出人境检验检疫局签发的“入境货物通关单”或“出境货物通关单”验放，取消了原“商检、动植检、卫检”以放行单、证书及在报关单上加盖放行章通关的形式。

此外，我国还有其他专门的检验机构。

当前活跃在国际贸易领域中的各类商品检验检疫机构、鉴定机构有1000多家，其中既有官方机构，也有民间和私人机构。在我国，除了国家设立的检验检疫机构之外，还有一些民间检验机构，比如，中国进出口商品检验总公司(CCIC)。

检验检疫机构对于进出口商品检验鉴定的具体内容，根据商品的不同特性，法律、法规规定的不同内容，或者根据合同中的具体约定，有关技术标准的规定，以及根据申请委托人的意愿而不同。归纳起来检验检疫的项目主要有：进出口商品的质量检验、数量和重量检验、包装检验、出口商品装运技术检验(比如，船舱检验、进出口集装箱鉴定、监视装载、积载鉴定、货载衡量鉴定等)、出人境动植物检疫、出入境卫生检疫、进出口商品鉴定等。

4.出入境边防检查机关

出入境边防检查机关是负责对运输工具及其上工作人员和所载货物、旅客、物品、行李等实施边防检查的执法机构。

口岸检查的要求与规定

1.其他机关除经国务院特准的以外，不得进行检查。各检查机关只能在各自的职权范围内进行检查。

2.交通安全部门负责召集有其他检查机关参加的运输工具进出口岸检查联席会议，研究、解决口岸检查中的有关问题。

3.对各国外交官、领事官以及其他应受优待人员的行李物品的检查，依照我国政府的有关规定办理。运输工具上工作人员如船员及其所载乘客、行李、货物的检查，仅限于在发出地、到达地和中间停留地进行，如无特殊情况，不得中途阻航检查。

4.运输工具抵达口岸前已办妥进口岸手续的，运输工具抵达后即上下人员、装卸货物和物品；对于抵达口岸前未办妥进口岸手续的，分两种情况：第一，如果进出的上一口岸为我国口岸，运输抵达后即可上下人员、装卸货物和物品，但应立即办理进口岸手续。第二，如果进出的上一口岸为境外口岸，除了检查机关办理口岸检查手续的工作人员和引航员外，其他人员不得上下运输工具，不得装卸货物和物品。比如，对来自国外港口的船舶，在抵达我国港口后，如果有泊位的话，可以直接驶往装卸货泊位而无需如以往那样必须在锚地接受由港监、海关、边防、卫检组成的联合检查，但如未事先办妥进口岸手续，尽管船舶已经靠泊，但仍然不能进行装卸货及上下人员，还必须按受检查机关的检查，办理相应的进口岸手续。