1.保税仓库货物入库程序

(1)在保税仓库所在地海关人境：进口货物在保税仓库所在地海关人境时，货主或其代理填写“进口货物报关单”一式三份，加盖“保税仓库货物”印章，并注明此货物系存入某保税仓库，向海关申报。经海关查验放行后，一份由海关留存，另两份随货交保税仓库。保税仓库经营人于货物入库后即与报关单进行核对，并在报关单上签收，其中一份留存保税仓库，作为入库的主要凭证，一份交回海关存查。

(2)在非保税仓库所在地海关入境：进口货物在保税仓库所在地以外其它口岸入境时，货主或其代理应按海关有关规定办理转关运输手续。货主或其代理应先向保税仓库所在地主管海关提出将进口货物运至保税仓库的申请，主管海关核实后，签发“进口货物转关运输联系单”,并注明货物转运存入某保税仓库，货主或其代理凭此联系单到入境地海关办理转关运输手续，经核准，按上述(1)程序办理手续。

2.保税仓库货物出库程序

(1)原货物复运出口：存入保税仓库的货物在规定期限内复运出境时，货主或其代理应向保税仓库所在地主管海关申报，填写“出口货物报关单”一式三份，并提交货物进口时经海关签章确认的“进口货物报关单”,经主管海关核实后验放出境，或按转关运输管理办法验放出境。复运出境手续办理后，海关在一份出口报关单上加盖放行章后退还货主或其代理，作为保税货物核销依据。

(2)用于加工贸易的货物：用于加工贸易的货物，经营加工贸易的单位首先按照进料加工或来料加工的程序向商务主管部门申请加工贸易审批。经合同审批、合同登记备案、开设加工贸易银行保证金台账后，由主管海关核发“加工装配和中小型补偿贸易进出口货物登记手册”(简称“登记手册”)。经营加工贸易单位持“登记手册”,向保税仓库所在地主管海关办理保税仓库提货手续。由于保税仓库进货时，所填写进口货物报关单并未确定何类贸易性质，故在提取使用时，需补填进料加工或来料加工专用“进口货物报关单”和“保税仓库领料核准单”。经海关核实后，在“保税仓库领料核准单”上加盖放行章，其中一份交经营加工贸易单位并凭此向保税仓库提取货物，另一份由保税仓库留存作为核销依据。

(3)国内销售的货物：存入保税仓库的货物需转为国内市场营销时，货主或其代理应事先报主管海关核准并办理正式进口手续，填写“进口货物报关单”,其贸易性质由“保税仓库货物”转为“一般贸易进口”。按一般贸易办妥货物相关进口手续，办妥后，海关在报关单上加盖放行章，其中一份用于向保税仓库提取货物，另一份由保税仓库留存作为核销依据。

3.保税仓库货物的核销

(1)报关有关单证：保税仓库对所存货物应有专人负责，并于每月的前5天内将上月存货的收、付、存等情况列表报送当地海关核查，并随附经海关签章的“进出口报关单”及“保税仓库领料核准证”等单证。

(2)海关予以核销：主管海关对保税仓库入库、出库报表与实际进口、出口报关单及领料单进行审核，必要时可派员入库实地核查。核实无误后予以核销，并在一份报表上加盖印章认可，退还保税仓库经营单位留存。