整车分卸与机械冷藏车在两站分装分卸是两种完全不同的运输办法，其主要区别如下：

(1)办理的目的不同。整车分卸是对限按整车办理货物的一个补充办法，目的是照顾零星货物的运输，但它也不是整装零担车，仍然是整车；机械冷藏车在两个车站分装或分卸，则是提高机械冷藏列车或车组运用效率的一种措施。机械冷藏列车或车组装载量大，往往在一个车站装车货源不够，或一个车站卸车又没有那么大的供应计划，所以采用分装或分卸。

(2)装运货物的范围不同。限按整车办理的货物中，属于鲜活货物的有:保温运输的货物、蜜蜂、未装容器的活动物等三项。这些货物都可按整车分卸办理。可见，整车分卸货物并不是只限于易腐货物，使用的车辆也不一定是冷藏车。而机械冷藏车在两站分装或分卸的货物则基本上只限于需要加温或冷藏的易腐货物，且前者是对一辆车而后者是对一列(组)车说的。

(3)分装(卸)站数与站间距离不同。按整车分卸办理的货物可在同一径路上的两个或三个到站分卸，站间距没有明确规定;机械冷藏车分装分卸时，也需同一径路，但分装或分卸站间的距离不许超过200km，装车站或卸车站都不得超过两个。

(4)装载数量的限制不同。整车分卸货物各到站的货物数量无限制，也不存在分装问题。但机械冷藏车在分装时的第一装车站或分卸时的第二卸车站的装载量均不得少于全列的一半，枢纽地区除外。

(5)运费的核收办法不同。整车分卸货物，按照发站至最终到站的运价里程计算全车运费。如广州南发衡阳、长沙北分卸的货物，全车都按到长沙北的运价里程核收运费，并每分卸一次另收分卸费。而机械冷藏车分装分卸的货物则分别按各发到站间运价里程计算各车的运费。长沙北用氏3型机械冷藏车一组发送冻肉至北京、天津各2辆，则应分别按长沙北至北京和天津的运价里程计算运费。