对于保税区域的税收政策，国家税务总局、财政局，海关先后颁布了一系列有关的保税区域的税收管理的文件，如：

（1）《出口加工区税收管理暂行办法》，国家税务总局2000年10月26日发布，国税发〔2000〕155号，该篇法规中的第三、第四、第五、第七条已被国家税务总局关于发布《出口货物劳务增值税和消费税管理办法》的公告（一）废止，废止日期为2012年7月1日。

（2）《出口监管仓库货物入仓即予退税暂行管理办法》，中华人民共和国海关总署、国家税务总局2005年1月10日发布，自2004年12月1日施行，署加发〔2005〕39号。2007年12月5日，海关总署、国家税务总局发布《关于扩大出口监管仓库人仓退税政策试点范围的通知》，署加发〔2007〕494号。

2010年8月16日，海关总署、国家税务总局发布《关于出口监管仓库享受入仓退税政策扩大试点的通知》，署加发〔2010〕347号。

（3）《关于开展保税物流功能试点出口加工区有关税收问题的通知》，国家税务总局2007年8月21日发布，国税函〔2007〕901号。

（4）《关于国内采购材料进入出口加工区等海关特殊监管区域适用退税政策的通知》，财政部、海关总署、国家税务总局2008年2月2日发布，财税〔2008〕10号。

（5）《关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》，财政部、国家税务总局2012 年5月25日，财税〔2012〕39号，该篇法规中的"第九条第（二）款第6项及附件9"已被财政部、国家税务总局关于以贵金属和宝石为主要原材料的货物出口退税政策的通知（发布日期：2014年12月9日）废止。

同时，国家相关部门还颁布了其他一些有关保税区域税收管理的规章制度，这些规章虽然现已因国家税务总局关于发布《出口货物劳务增值税和消费税管理办法》的公告（一）等失效，但在当时保税环境下对规范保税区域的税收问题都发挥了重要作用，如：

（1）国家税务总局《关于洋山保税港区等海关监管特殊区域有关税收问题的通知》（已失效），1997年4月9日，国税函〔1997〕188号。

（2）国家税务总局《关于保税区与港区联动发展有关税收问题的通知》（已失效），2004年9月13日发布，国税发〔2004〕117号。

（3）国家税务总局《保税物流中心（B型）税收管理办法》（已失效），2004年11月15日发布，国税发〔2004〕150号。

（4）财政部、国家税务总局《关于民航国际航班使用保税航空燃油有关税收事宜的通知》（已失效），2004年12月30日，财税〔2004〕218号。

（5）国家税务总局《关于从保税仓库和出口监管仓库提取的料件有关税收处理办法的批复》（已失效），2005年12月7日，国税函〔2005〕1153号。

（6）国家税务总局《关于洋山保税港区等海关监管特殊区域有关税收问题的通知》（已失效），2006年12月15日，国税函〔2006〕1226号。

（7）国家税务总局《关于保税物流中心及出口加工区功能拓展有关税收问题的通知》，（已失效），2009年3月18日，国税函〔2009〕145号。

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