1990年9月，海关总署颁布了第一个保税区海关管理办法——《中华人民共和国海关对进出上海外高桥保税区货物、运输工具和个人随带物品的管理办法》规定，“上海外高桥保税区发展外向型经济。”上海市政府颁布的《上海市外高桥保税区条例》第3条对保税区功能作了明确规定，即“保税区主要发展对外贸易和转口贸易、港口、仓储、出口加工以及金融服务等业务"。

1994年6月，在天津召开的全国保税区工作座谈会明确提出保税区的三大功能是"出口加工、国际贸易和保税仓储"，要求各个保税区围绕这三大功能进行开发，并旗帜鲜明地提出保税区要首先充分发挥其出口加工功能，以推动外向型经济发展。

1997年6月10日，国务院批准了《保税区海关监管办法》，规定：“保税区是海关监管的特定区域。"1997年7月17日，外经贸部对我国保税区的功能作了明确阐述："保税区是经国务院批准设立，由海关实施特殊监管的经济领域，是目前我国开放度和自由度最大的经济区域。其主要功能是转口贸易、出口加工、保税仓储。"

第一，保税仓储和展示的功能，即利用保税区内的仓库进行货物存储和展示或者拆装、分装等商业性简单加工。

第二，国际贸易的功能，即利用保税区的区域优惠政策和毗邻港口，陆路口岸的交通枢纽优势开展国际贸易。

第三，出口加工的功能，即利用外资发展外向型经济，充分利用区域特殊的管理政策开展加工贸易，从而实现扩大出口；同时通过保税区的加工贸易也带动相关的国内产品出口，培育和发展了整个加工产业链。

1998年以后，大多数保税区开始发展物流和保税仓储产业，区内产业结构加快调整，高科技加工产业异军突起。虽然从保税区个体发展看，各保税区的功能开发存在较大的差异，但从总体发展趋势看，其功能逐渐从以出口加工为主转向以综合型功能开发为主，即包括贸易、加工、物流、服务业为一体的多元化功能。

同时，保税区"免税、免证、保税"的政策在吸引外资、引进先进技术、扩大出口、增加外汇收入和国家税收等方面，发挥了积极的促进和引导作用，进而促进保税区的快速发展。但由于存在区外货物进入保税区不退税、需等货物实际离境后再退税的政策限制，对保税区的转型发展造成了一定的影响。

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