海运企业的营运间接费用应先在企业所经营的各种营运业务之间进行分配，求得运输业务应负担的营运间接费用。如果海运企业只计算综合运输成本，分配营运运输业务负担的营运间接费用可计入运输业务的综合成本，不必再进行分配。若需要再进一步计算单船成本、船型成本、运输种类成本时.则需要将运输业务负担的营运间接费用在各船、各船型或运输种类之间进行分配。营运间接费用在各船之间进行分配的方法较多，常用的有船舶费用比例分配法和船舶营运吨天比例分配法。

在此仅介绍船舶费用比例分配法。船舶费用包括航次运行费用和船舶固定费用。如有租赁船舶营运时，还包括船舶租赁费；如有集装箱运输时，还包括集装箱固定费用（船舶费用均扣除了与运输无关部分）；如计算单船成本，则需要分别按船舶进行分配；如按船型计算成本，则按船型分配，其费用分配率=运输业务应负担的营运间接费用：各船舶费用总额，某船或某船型负担的间接费用等于上述分配率与该船或该船型船舶费用之积。远洋运输企业按航次计算成本时，营运间接费用可以只计入当期已完航次成本，不必分配计入该期未完航次成本，以简化核算。