现阶段，我国物流行业管理存在以下弊端：

(1)部门分割

物流是跨部门、跨行业、跨区域的复合型产业，物流的发展虽然受到各级领导的重视，但是物流业在管理上涉及发改委、商务、交通、铁道、民航、邮政、海关、质检、信息等十几个部门，各部门各行其是，政出多门，形不成合力。

多头管理往往会造成效率低下。比如，商务部门有商务部门的规划，交通部门有交通部门的规划。这样一来，都站在各自部门的角度上思考问题，形成的规划有些是矛盾的。物流企业从事的生产经营活动又涉及多个领域，造成企业在制定发展规划时无所适从。

(2)条块分割

目前，不仅在中央层面存在物流管理部门分割的现象，而且在地方政府也存在部门分割的现象。比如，地方政府虽然也设立与国家发展改革委员会（以下简称“发改委”）类似职能的牵头部门，如省发改委。但涉及具体的物流活动时，相关的交通委员会、商业委员会也在“履行”着自己的职能即使在同一部门内部，在设置物流处的同时，还有与其平行的物流管理部门。如深圳市的物流牵头部门是交通委员会，但在交通委员会又下设物流处、空港处、公共交通处、港航管理处。又比如，武汉市的物流主管部门设在发改委的经贸处，但由财贸处负责物流项目的立项和一些综合协调的工作，由交通委员会的物流处负责交通物流管理的协调。

(3)区域分割

成都市的物流业由市现代物流业发展办公室来统一管理,并由市政府统一管理。因此，至少不存在同一部门之间管理的条块分割。但这种管理也仅仅局限于四川省，无法与周边省市达到完全的协调一致。在成都市要打造西部九省一市物流中心的同时，西部各省市也提出不同的发展目标:重庆市规划长江上游国家物流中心，昆明的目标是东盟区域物流中心,西安要建设西北物流中心，贵阳则要成为长江上游至泛珠三角物流枢纽。其实，目前我国不同区域在物流发展规划上各自为政的现象极为普遍，不仅极易造成重复建设、资源浪费，甚至还会形成市场的恶性竞争。