日本是物流业发展发达的国家之一，社会物流成本核算主要借鉴赫斯凯特最早提出的方法，即由每年公布的就业统计和库存统计等各种数据来推算总体物流费用。同时，参考德兰尼的推估法，站在货主的立场来推算部分国内物流成本。日本的社会物流成本计算方法与美国略有不同，但从整体上看，也包括运输费、保管费和管理费三个部分内容。

1.运输费

运输费分为营业运输费和企业内部运输费。营业运输费又包括卡车运输费、铁路货运费、内海航运货运费、国内航空货运费以及货运站收入等内容。企业内部运输费是以营业车平均行走一里的原价为基础，将自家卡车的行走里数、实际平均一日一车行走里数比、自家用卡车装载比率相乘得到。

2.保管费

保管费是将日本经济企划厅编制的《国民经济计算年报》中的国民资产、负债余额中原材料库存余额、产品库存余额及流通库存余额的合计数乘以日本资产管理协会（JapanMaterialsManagementAssociation,JMMA）调查所得的库存费用比例和原价率得到。这项保管费不是狭义的保管费，不仅包括仓储业者的保管费或企业自有仓库的保管费，还包括仓库、物流中心的库内作业费用和库存所发生的利息、损耗费用等。保管费用计算公式是；

保管费=（原材料库存余额+产品库存余额+流通库存余额）X原价率X库存费用比例

式中：库存费用比例=利率除外的库存费用比例+利率。

3.管理费

物流管理费用无法用总体估计的方法求得，根据日本《国民经济计划年报》中的《国内各项经济活动生产要素所得分类统计》，将制造业、批发和零售业的产出总额乘以日本物流系统协会（JapanInstituteofLogisticsSystems,JILS）根据行业分类调査出来的各行业物流管理费用比例（0.5%）,管理费计算公式是：

管理费=（制造业产出额+批发零售业产出额）X物流管理费用比例

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